Il porto di Palermo è storicamente il più importante della Sicilia, le principali rotte mediterranee sia commerciali che turistiche lo considerano praticamente come una tappa obbligata. I  principali collegamenti da e per Palermo sono con le città di Napoli, Livorno, Genova e settimanalmente con Cagliari.

Il porto di Palermo è inoltre la stazione di partenza ed arrivo degli aliscafi e delle navi veloci per le isole di Ustica e, se verrà ripristinato, anche per l'arcipelago delle isole Eolie.  Un'altra stazione marittima in costanze aumento per traffico commerciale e turistico è il porto di Termini Imerese a circa 30 chilometri dal centro di Palermo.

Da questo porto è attivo un collegamento con Genova.